スマホにケースをつけたままでも除菌する事が可能です。
ただ、スマホ全体を除菌したい場合は、ケースから外してご利用頂くとより効果的かと存じます。

また、生き物以外で入れれるものであれば、除菌可能になっていますので、
一般的な素材のケースであればご利用可能です。
こちらは参考程度になりますが、弊社では革やTPU等のケース、アルミなど金属にて検証し、問題ない事を確認しております。
ただ、世の中にあるすべての物を検証できてはないので、特別の素材であれば、制作会社にお問合せください。