手帳型のスマートフォンケースをそのまま入れても大丈夫ですか?

はい、ご使用いただけます。
ただし手帳型ですと、スマートフォンが隠れてしまう部分もございますので、
十分な効果を得るために、装着した状態と、外した状態の2回に分けてのご使用をお勧めいたします。